Der Temple de la Madeleine ist eine der ältesten Kirchen in Genf. Die ersten Spuren einer Kapelle an diesem Standort stammen aus der Römerzeit.

Ab dieser Zeit wurden Kirchen zerstört und an diesem Ort wieder aufgebaut oder durch größere ersetzt. Im 15. Jahrhundert wurde die Kirche nach einem Brand in ihrer heutigen gotischen Form wiederaufgebaut. Im Mittelalter war ihre Gemeinde eine der reichsten der Stadt. Während der Reformation wurde die Kirche in einen einfachen und nüchternen protestantischen Temple umgewandelt. Die Bezeichnung « Kirche der Heiligen Maria Magdalena » verschwand und wurde durch die Bezeichnung « Temple de la Madeleine » ersetzt. Hier predigten u. a. Guillaume Farel und Jean Calvin.

Seit 1926 stellt die Eglise Protestante de Genève (EPG) den Temple de la Madeleine der Reformierten Deutsch-Schweizerischen Gemeinde in Genf zur Verfügung. Ihr heutiges Aussehen verdankt die Kirche ihrer letzten Renovierung (1975). Aufgrund ihrer hervorragenden Akustik ist sie ein beliebter Veranstaltungsort für Konzerte.